Una de las preguntas más frecuentes es por qué se resetea Arduino cuando nos conectamos a la consola Serie
El mecanismo de reprogramación de Arduino via USB, que internamente se comporta como un puerto Serie (COM en windows) se basa en que al activar una señal de control de este puerto (la señal DTR) se carga un condensador que activa la patilla reset de arduino. De esta forma se puede forzar un reset por hardware para poder reprogramar.
El problema es que esa misma señal se envía cuando nos contectamos al puerto serie (por ejemplo con la consola serie del IDE).
Hay varias formas de evitar este comportamiento, como puedes ver en este artículo, pero todas implican modificar el hardware.
JAVACASM
AFAQ: ¿Por qué se resetea Arduino cuando nos conectamos al puerto serie?